Pada awalnya yayasan ini diberi nama Yayasan Pendidikan Citra Islami yang dicetuskan oleh Bapak H. Syafriansyah, BA tokoh agama Kalimantan Selatan, H. Norhin dan H. Syarkani Owner Kota Citra Graha Banjarbaru pada tanggal 23 Jumadil Ula 1428 H bertepatan 9 Juni 2007 M dengan maksud membangun sebuah komplek Perguruan Terpadu yang mencakup jenjang pendidikan umum (TK-SD-SMP-SMA) dipadukan dengan program dakwah berbentuk Pesantren/Takhasus Diniyah, Majelis Ta’lim dan Tahfidz Al Qur’an.
Pada tanggal 21 Sya’ban 1429 H bertepatan 23 Agustus 2008 M diadakan acara silaturrahmi dengan menghadirkan Menteri Agama RI H. M. Maftuh Basyuni dan para Haba’ib, Ulama, dan Umara Kalimantan Selatan di Komplek Kota Citra Graha sekaligus pemancangan tiang beton pertama sebagai tanda dimulainya pembangunan gedung pendidikan di KCG ini.
Kemudian setelah berjalan beberapa tahun sesuai kesepakatan bersama yakni pada tanggal 9 Juli 2010 yayasan ini berubah nama menjadi Yayasan Citra Babur Rahman Madinatul Ilmi dengan Notaris Muhammad Akhwan, SH. MH. Nomor 36 tanggal 9 Juli 2010 dan disahkan oleh Menteri KemenkumHam RI Nomor: AHU-4990.AH.01.04. Tahun 2013 tanggal 06 September 2013.